Urząd Bezpieczeństwa (UB) zainteresował się Zawacką po sierpniu 1951 roku, kiedy to zajmował się sprawą cichociemnego Andrzeja Czaykowskiego. 5 września 1951 roku Zawacka została aresztowana przez UB. Pretekstem do natychmiastowego aresztowania Zawackiej było odnalezienie 10-dolarowego banknotu w jej mieszkaniu. Po śledztwie i jednej rozprawie sądowej została skazana na 5 lat więzienia. Kolejne odwołania skutkowały podniesieniem wyroku do 10 lat więzienia. 10 stycznia 1955 roku prezes Najwyższego Sądu Wojskowego płk Jan Mitek złożył wniosek rewizyjny, wnosząc o zastosowanie wobec Elżbiety Zawackiej amnestii z 1952 roku. Zawacka wyszła z więzienia 24 lutego 1955 roku. Urząd Bezpieczeństwa, przekształcony później w Służbę Bezpieczeństwa (SB) kontynuował inwigilację Zawackiej. W 1976 roku SB skonfiskowała Zawackiej materiały dotyczące ruchu kurierów, zgromadzone podczas kwerendy w Studium Polski Podziemnej w Londynie. W latach 70. i 80. toruńskie SB prowadziło sprawy przeciwko Elżbiecie Zawackiej o kryptonimie „Kombatantka”, „Historyk” i „Penelopa”. Dokumenty z lat 70. i 80. zostały zniszczone w 1990 roku.
Więcej w: Witold Wojdyło, Aktywność wojskowa Elżbiety Zawackiej, w: Elżbieta Zawacka 1909-2009, pod red. A. Frąckowiak, R. Góralskiej, J. Półturzyckiego, H. Solarczyk-Szwec, W. Wojdyły, Wyd. Naukowe ITE, Radom 2009, s. 78-92. Zobacz
Elżbieta Zawacka opowiada o codzienności cichociemnych, audycja radiowa Bogusława Czajkowskiego (PR, 11.10.1970), cz. 1 i 2: Zobacz
„Bo ja nazywam się cichociemna”, audycja radiowa radia PIK: Zobacz
Elizabeth Watson – Cichociemna. Spektakl Teresy Stępień-Nowickiej: Zobacz