Powrót do badań naukowych – doktorat, habilitacja i praca w Uniwersytecie Gdańskim

Po pobycie więzieniu w latach 1951 -1955 za działalność w konspiracji, podjęła starania o odzyskanie uprawnień nauczycielskich. We wrześniu 1956 r. objęła stanowisko nauczycielki etatowej Liceum Korespondencyjnego w Toruniu (dziś I LO w Toruniu). Prowadziła tam zajęcia z matematyki oraz angażowała się w działalność toruńskiego oddziału PTTK. W tym samym czasie wróciła do badań naukowych z zakresu andragogiki. Musiała ponownie rozpocząć badania z zakresu kształcenia dorosłych kobiet, ponieważ jej pierwszy maszynopis doktoratu zaginął w 1951 roku. Niestety, przeprowadzenie badań było niemożliwe w ówczesnych warunkach, Zawacka zmieniła więc temat pracy i skupiła się na kształceniu korespondencyjnym pod kierunkiem prof. Ludwika Bandury. 23 czerwca 1965 roku Elżbieta Zawacka uzyskała stopień naukowy doktora na Wydziale Humanistycznym UMK. 1 września 1965 roku Zawacka została pracowniczką naukową Katedry Dydaktyki Wydziału Nauk Humanistycznych w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Gdańsku. Kontynuowała tu pracę naukową, która doprowadziła ją do uzyskania w 1972 r. habilitacji w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Krakowie na podstawie pracy „Przeszkody i niepowodzenia w studiach pracujących nauczycieli”.