Początek wojny i działalność kurierska w Wydziale Łączności Zagranicznej „Zagroda”

Po rozpoczęciu wojny kontynuowała służbę w PKW.  9 września Zawacka została żołnierką Lwowskiego Kobiecego Batalionu Pomocniczej Służby Wojskowej. Od listopada 1939 działała w konspiracji. Pierwszym Jej zadaniem było stworzenie siatki punktów kontaktowych Służby Zwycięstwa Polski – Związku Walki Zbrojnej na Śląsku (SZW – ZWZ). Na podstawie dostarczanych stamtąd meldunków, Zawacka dostarczała co miesiąc raporty wywiadowcze. Pod koniec 1940 r. Elżbieta Zawacka rozpoczęła działalność kurierską w Wydziale Łączności Zagranicznej Oddziału V kryptonim „Zagroda”. Zawacka miała stworzyć trasy zachodnie oraz usprawnić placówkę w Berlinie. W sumie jako kurierka  granice przekraczała ponad stukrotnie. W 1942 roku zorganizowała Okręg Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej (ZWZ-AK) na Śląsku i szkoliła kobiety do zadań w konspiracji.